Essa ferramenta utilizada no Laboratório DNA desde os anos 2008, deu origem aos testes de SNP/CGH-array que existe hoje. A diferença está na sua amplitude diagnóstica, ficando limitada a avaliar algumas poucas regiões do DNA. No entanto, ela ainda é bastante utilizada para mapear alterações equilibradas não possíveis de serem observadas pelo SNP/CGH-array, principalmente nos pais de crianças com cromossomopatias, para fins de análise de recorrência para aconselhamento genético.
Material utilizado: sangue e medula óssea.

A FISH também é muito utilizada no monitoramento do câncer, principalmente o Hematológico e na avaliação do homem infértil a partir da FISH em espermatozoides.